Desde tiempos remotos, las culturas antiguas utilizaron los microorganismos más como aliados que como enemigos para la obtención de alimentos, con la diferencia de que en aquel entonces se desconocía cómo actuaban directamente en la materia prima. De manera empírica, sólo se sabía que elemento añadir y el proceso para obtener el producto deseado (Pelayo, 2011).
La Sociedad Española de Biotecnología define a la biotecnología de alimentos como "el conjunto de técnicas o procesos que emplean organismos vivos o sustancias que provengan de ellos para producir o modificar un alimento, mejorar plantas o animales de los que provienen los alimentos, o desarrollar microorganismos que intervengan en los procesos de elaboración de los mismos".

Dentro del aprendizaje adquirido por las culturas ancestrales se tiene el empleo de microorganismos tales como las levaduras del género Saccharomyces, responsables de la elaboración del vino, la cerveza y el pan. También del empleo de bacterias acido lácticas para obtener productos como el yogurth, gracias a la acción de dos de ellas que son Streptococcus thermophilus y Lactobacillus bulgaricus.
Pelayo (2011) señala que a este tipo de Biotecnología se le conoce como "tradicional", en contraposición con la "moderna", que emplea la ingeniería genética para obtener las plantas, animales y microorganismos modificados genéticamente. Las ventajas fundamentales de la biotecnología "moderna" frente a la "tradicional" consisten en que la primera permite introducir selectivamente las modificaciones de interés en un determinado organismo, así como "saltar la barrera de especie", es decir, introducir un gen de interés de una especie en otra distinta para conferirle una característica determinada.
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